Respuesta a Sor Filotea de la Cruz

Fue redactada en marzo de 1691, como contestación a todas las recriminaciones que le hizo Fernández de Santa Cruz, bajo el seudónimo de Sor Filotea de la Cruz, donde se defiende argumentando que el vasto conocimiento que posee de varias áreas es suficiente para que se le permita discurrir en temas teológicos que no deben circunscribirse únicamente a los varones. El obispo advierte que ninguna mujer debió afanarse por aprender de ciertos temas filosóficos. En su defensa, Sor Juana señala a varias mujeres doctas, como Hipatia, una filósofa neoplatónica asesinada por cristianos en el año 415.163​ Escribe sobre su intento fallido y el constante dolor que su pasión al conocimiento le trajo, pero exponiendo un conformismo, ya que aclara que es mejor tener un vicio a las letras que a algo peor. También justifica el vasto conocimiento que tiene de todas las materias de educación: lógica, retórica, física e historia, como complemento necesario para entender y aprender de las Sagradas Escrituras. La Carta de Sor Filotea expresa la admiración que el obispo de Puebla siente por Sor Juana, pero al mismo le recrimina que no emplee su enorme talento en cuestiones teológicas, sino que lo use en temas profanos. Aunque no se declara en contra de la educación de la mujer, sí manifiesta su inconformidad con la falta de obediencia que podrían demostrar algunas mujeres ya educadas. Por último, le recomienda a la monja seguir el ejemplo de otros escritores místicos que se dedicaron a la literatura teológica, como Santa Teresa de Jesús o Gregorio Nacianceno. Sor Juana concuerda con Sor Filotea en que debe mostrar obediencia y que nada justifica la prohibición de hacer versos, al tiempo que afirma que no ha escrito mucho sobre la Escritura pues no se considera digna de hacerlo. También reta, a Sor Filotea y a todos sus enemigos, a que le presenta una copla suya que peque de indecencia. No puede calificarse la suya de poesía lasciva o erótica, por lo que muchos críticos consideran que el afecto que mostraba por las virreinas era filial, no carnal.